乌鲁木齐、昌吉和兵团十二师在自治区党委、自治区人民政府的决策部署下，于2012年6月成立了头屯河沿岸综合整治领导小组，建立了两岸三地及自治区相关厅局共同参与的协调机制，力争3至4年内完成综合整治工作。头屯河沿岸综合整治是自治区党委、自治区人民政府实现环保优先、生态立区的一项重点工程，对加强区域生态环境保护和建设，提高新型城镇化水平，推动区域经济社会可持续发展意义重大。

由自治区环保厅负责组织、新疆环科院承担编制的《头屯河流域生态恢复与环境整治规划》，旨在全流域开展生态恢复和环境整治，从全流域、从生态修复到污染控制全过程对头屯河流域进行系统的综合整治，是实现流域生态环境质量好转的重要手段，也是头屯河沿岸综合整治的重要组成部分。

《规划》以“环保优先、生态立区”为宗旨，以生态文明建设为指导，坚持“资源开发可持续、生态环境可持续”，按照实现区域统筹和可持续发展的新理念、新措施、新要求，从生态修复到污染控制全过程对头屯河流域进行系统的综合整治，把头屯河沿岸打造成为群众受益的重大民生工程。

《规划》强调分段治理，分区保护。根据自然环境特征、人类开发利用的影响方式以及存在的环境问题的不同等，把流域重点分为工业集中区污染治理、资源开发区生态恢复、城区河岸带环境治理、农村环境综合整治、水土流失防治等几个重点治理区域，分析其存在的主要生态环境问题，明确治理目标，提出治理对策及治理工程；同时根据生态环境功能及社会经济活动特征，把整个流域划分为饮用水源保护区、水源涵养区、水土保持区、聚居发展维护区、农产品环境安全保障区、防风固沙区等生态与环境管理分区，确定分区保护目标及环境管理措施，对流域的生态环境问题既做到重点治理，又做到全流域覆盖。